全基因组DNA双酶切，没有弥散条带或者条带异常

全基因组DNA双酶切（HpaⅡ和EcoRⅠ、MspⅠ和EcoRⅠ，110V琼脂糖电泳没有弥散条带，加大DNA的量酶切后，条带异常和从前不同。酶切产物连接完，做PCR扩增也扩不出条带，或者条带太少。
我的酶产品是Promega买的，已经用了半年。
酶切体系是：
（1）DNA 1.5 ul(约500ng)
HpaⅡ(MBI) 0.8 ul
EcoRⅠ(MBI) 0.4 ul
10*Buffer 2.5 ul
灭菌超纯水 19.8 ul
25 ul
于373-4h。
（2）DNA 1.5 ul(约500ng)
MspⅠ(MBI) 0.5 ul
EcoRⅠ(MBI) 0.4 ul
10*Buffer 2.5 ul
灭菌超纯水 20.23 ul
25 ul
于37℃放置3-4h。

求助大家，哪里出了问题，导致酶切电泳没有条带。万分感谢。

你的实验目的和详细步骤没说清楚。我先就现有的描述分析一下：

很有可能是DNA酶或者是连接酶这2步出了问题。首先，你的第一步酶切结果和预期的不一样，你就要怀疑是否酶出了问题。测试一下也很简单，找有酶切位点的质粒来试一下就知道了。看一下缓冲液是否用对了。条件是否正确。这一步的可能性最大。这些酶是你专用的还是公共试剂，公共试剂失活的可能性就更大了。

PCR做不出来，你的引物设计位点在哪里？是否是要连接后才能出结果，那除了酶切没有完成外，DNA连接酶出错也是有可能的。

1，正好你的两个酶切位点将质粒分成大小相当的两个片段（可能性很小） 2，有一个位点没有切开（可能性极大） 3，两个位点都切开了，有一段dna太小，跑电泳跑出去了（自己看看两个片段该多大）

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