如何查找基因的基本信息
答案:2 悬赏:0
解决时间 2021-01-12 13:39
- 提问者网友：我的未来我做主
- 2021-01-12 09:27
如何查找基因的基本信息
最佳答案
- 二级知识专家网友：行路难
- 2021-01-12 09:47
NC表示人类基因组DNA的RefSeq。（链接序列）
NM表示mRNA的RefSeq。
NP表示蛋白质的RefSeq
查找基因的基本信息的方法如下:
根据文献中已知的基因ID如果你在文献中看到你感兴趣的基因，而且文中还提到了
基因在Genbank中的ID号，那就好办了，直接打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov ，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把Genbank ID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到了。(如GenBank accession number gi 16151096)”。
2. 根据已经获得的基因的相关信息进行查找，打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov/在search后面的下拉框中选择Gene，然后在中间的文本框中输入基因名称“VEGF”，点击GO。搜索结果出来了，点击箭头所指的Limits, Limits的意思其实就是高级检索，你可以在这里对检索词进行很多限制，这样能大大精简查询结果。我们接着来，在Limits这个界面，先选择查询的限定范围：先选Gene name(基因名称)；然后再选择Limit by Taxonomy（生物分类限定）中的Homo sapiens（人类），然后再点击“GO”。直接点击基因名称“VEGFA”就可以看到有关基因的信息了。需要指出的是，在Genbank中，基因有很多别名（Aliases），和Genbank中记录的名称有可能不一致。比如在这里，VEGFA是Genbank中记录的基因名称，而它还有很多别名，比如MGC70609, VEGF（这就是我们要找的基因名称 ）, VEGF-A, VPF；还有，在这里可以看到该基因在染色体上的位置... 再往下看，可以看到Genomic regions, transcripts, and products，这里显示了该基因在基因组中的位置，以及转录本的生成情况：就看见了目的基因的mRNA的链接（如NM_001025366.1）和蛋白质的链接（如NP_001020537.2 ） 这里得说两句，有的基因也许只有一个编码序列，但有的基因有很多的mRNA剪接体，但都是归在一个基因名称下面。比如，在VEGF基因下面有7个序列，分别是vascular endothelial growth factor A isoform a, isoform c, isoform d, isoform e, isoform f , isoform g, isoform b precursor ，就需要根据查阅的文献以及在这些基因序列后面的解释来确定了。如果我想找的基因是第一个序列即isoform a, 就可以点击NM_001025366.1，
NM表示mRNA的RefSeq。
NP表示蛋白质的RefSeq
查找基因的基本信息的方法如下:
根据文献中已知的基因ID如果你在文献中看到你感兴趣的基因，而且文中还提到了
基因在Genbank中的ID号，那就好办了，直接打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov ，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把Genbank ID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到了。(如GenBank accession number gi 16151096)”。
2. 根据已经获得的基因的相关信息进行查找，打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov/在search后面的下拉框中选择Gene，然后在中间的文本框中输入基因名称“VEGF”，点击GO。搜索结果出来了，点击箭头所指的Limits, Limits的意思其实就是高级检索，你可以在这里对检索词进行很多限制，这样能大大精简查询结果。我们接着来，在Limits这个界面，先选择查询的限定范围：先选Gene name(基因名称)；然后再选择Limit by Taxonomy（生物分类限定）中的Homo sapiens（人类），然后再点击“GO”。直接点击基因名称“VEGFA”就可以看到有关基因的信息了。需要指出的是，在Genbank中，基因有很多别名（Aliases），和Genbank中记录的名称有可能不一致。比如在这里，VEGFA是Genbank中记录的基因名称，而它还有很多别名，比如MGC70609, VEGF（这就是我们要找的基因名称 ）, VEGF-A, VPF；还有，在这里可以看到该基因在染色体上的位置... 再往下看，可以看到Genomic regions, transcripts, and products，这里显示了该基因在基因组中的位置，以及转录本的生成情况：就看见了目的基因的mRNA的链接（如NM_001025366.1）和蛋白质的链接（如NP_001020537.2 ） 这里得说两句，有的基因也许只有一个编码序列，但有的基因有很多的mRNA剪接体，但都是归在一个基因名称下面。比如，在VEGF基因下面有7个序列，分别是vascular endothelial growth factor A isoform a, isoform c, isoform d, isoform e, isoform f , isoform g, isoform b precursor ，就需要根据查阅的文献以及在这些基因序列后面的解释来确定了。如果我想找的基因是第一个序列即isoform a, 就可以点击NM_001025366.1，
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- 1楼网友：愁杀梦里人
- 2021-01-12 10:11
进到blast以后，选择nuleotide blast
然后将序列粘贴进去，blast，稍等（跟网速快慢及序列有关）然后就会出来相关信息。
在第一页你会找到name，accession number, species, size（score)以及p.o.h.
然后向下滚动，点击相似度最高的蛋白质链接
gene_apaf1
有关function和other information可以在summary里查到。
然后将序列粘贴进去，blast，稍等（跟网速快慢及序列有关）然后就会出来相关信息。
在第一页你会找到name，accession number, species, size（score)以及p.o.h.
然后向下滚动，点击相似度最高的蛋白质链接
gene_apaf1
有关function和other information可以在summary里查到。
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